“专项应付款”科目核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项或特定用途的款项；政府补助是指企业从政府无偿取得货币性资产或非货币性资产，但不包括政府作为企业所有者投入的资本。
政府以投资者身份向企业投入资本，享有企业相应的所有权，企业有义务向投资者分配利润，政府与企业之间是投资者与被投资者的关系。政府拨入的投资补助等专项拨款中，国家相关文件规定作为“资本公积”处理的，也属于资本性投入的性质。政府的资本性投入无论采用何种形式，均不属于政府补助。
政府下拨给企业的专项资金，企业首先应当明确政府有关文件规定的用途：
①政府给予企业的无偿资助即政府补助；
②政府作为企业所有者投入具有专门用途的资金作为“专项应付款”核算；
③政府作为企业所有者投入的资本。
如果企业取得的政府专项资金属于第①项，则应作为政府补助来处理。即与资产相关的政府补助以及用于补偿企业以后期间的相关费用或损失的政府补助，确认为“递延收益”，以后再按相关规定分期计入“营业外收入”科目；如属于第②项，则应计入“专项应付款”科目，工程项目完工所形成的长期资产部分，转入“资本公积——资本溢价”科目，未形成长期资产需要核销部分，冲销“在建工程”等科目，需要返还的拨款结余，通过“银行存款”上交；如属于第③项，则必须按照所有者权益核算的有关规定执行。
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