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其病因尚未完全阐明，目前有下列学说。
1.子宫内膜种植学说经血中的子宫内膜细胞随经血经输卵管流入腹腔，种植在卵巢和邻近的盆腔腹膜。
2.淋巴及静脉播散学说子宫内膜细胞可通过淋巴或静脉转移种植。
3.体腔上皮化生学说卵巢激素或经血及慢性炎症的反复刺激，可将体腔上皮激活转化为子宫内膜样组织。
4.诱导学说未分化的腹膜组织在内源性生物化学因素诱导下发展成子宫内膜组织。
5.遗传学说子宫内膜异位症可通过多基因或多因素遗传。
6.免疫调节学说子宫内膜异位症病人的IgG及抗子宫内膜抗体明显增加，具有自身免疫性疾病的特征。
7.其他因素子宫内膜异位症病人腹腔液血管生成因子增多，导致异位内膜种植和生长等。
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